Laut Ledger kann Atom sicherheitskritische Freigaben auch dann schützen, wenn das Android-System kompromittiert ist. Auf dem Gerät laufen alltägliche Apps, doch sobald eine Aktion bestätigt werden muss, übernimmt ein separates Betriebssystem die Kontrolle über den Bildschirm. Ein physischer Schalter trennt zudem die Kameras und Mikrofone.