Der erfahrene N64-Entwickler und Hacker Kaze Emanuar stellt die Behauptungen von Analogue 3D zur Cycle-Accuracy und zur ,,100-prozentigen Kompatibilität" öffentlich infrage. In direkten Vergleichstests zeigt er, dass das System langsamer arbeitet, bestimmte Hardware-Eigenheiten fehlen und Systemprüfungen scheitern, die auf einer originalen Nintendo 64-Konsole problemlos bestehen. Trotz Kritik hält er das FPGA-basierte System weiterhin für eine starke und preislich attraktive Option für die meisten Spieler und merkt an, dass kommende Firmware-Updates viele der Probleme beheben könnten. Analogue selbst hat sich bislang jedoch nicht zu den wachsenden Bedenken aus den Reihen von Speedrunnern, Moddern und Retro-Fans geäußert.