Der Proxmox Backup Server 3.3 basiert auf Debian 12.8 ,,Bookworm", unterstützt ZFS 2.2.6 und verwendet den Linux-Kernel 6.8.12-4 als stabilen Standard mit 6.11 als Option. Die Liste der Neuerungen umfasst auch die Unterstützung von austauschbaren Datenspeichern, neue Modi zur Erkennung von Änderungen, eine Push-Richtung für entfernte Synchronisierungsaufträge und mehr.